Lisabon leží na severním břehu řeky Tagus, kousek od místa, kde se řeka vlévá do Atlantského oceánu. Ústí řeky se zde zužuje a tvoří hluboký přístav, díky kterému pravděpodobně město vzniklo a nabylo na své důležitosti. Rozkládá se přibližně na jedné třetině délky portugalského severu, na jižní hranici u portugalské části Atlantského oceánu.
Město bylo vystavěno na sedmi kopcích a je zde tolik strmých cest, že doprava funguje prostřednictvím výtahů a lanovek.
Důležitým geologickým rysem Lisabonu je jeho umístění spojené s projevy deskové tektoniky. Seismické jevy jsou odvozovány od pohybu eurasijských a afrických tektonických desek, přičemž africká deska tlačí severozápadním směrem na jih Pyrenejského poloostrova. Toto má vliv na celý jihozápad poloostrova a vzhledem k tomu, že přesná hranice mezi těmito dvěma deskami není známa, dodnes neznáme epicentrum velkého lisabonského zemětřesení.
|