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Lisboa localiza-se na margem norte do Rio Tejo, imediatamente antes de ele desaguar no Atlântico. Aqui o estuário estreita-se e forma-se um porto natural profundo, que é provavelmente a razão central para o estabelecimento da cidade e da sua continuada importância. Situa-se sensivelmente a um terço do comprimento da costa atlântica de Portugal a norte da sua costa sul.
A cidade foi construída sobre sete colinas e é tão íngreme que em alguns locais são usados elevadores estilo teleférico para as necessárias viagens verticais.
Uma importante característica geológica que define Lisboa é a sua localização em relação a actividade tectónica. A actividade sísmica deriva do movimento relativo das placas tectónicas Africana e Eurasiática: a Africana empurra para noroeste contra o sul da Ibéria. Toda a costa sudoeste da Ibéria é afectada por esta actividade mas as fronteiras dessas placas não estão bem definidas e o epicentro do grande terramoto de Lisboa permanece um mistério.
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