Lisboa está ubicada en la ribera norte del Río Tajo, justo antes de que éste desemboque en el Atlántico. Aquí el estuario se estrecha, formando un profundo puerto natural, siendo quizás ésta la razón principal de la fundación de la ciudad y de su continua importancia. Lisboa está situada al sur del país, aproximadamente a la altura de una tercera parte de la longitud de Portugal desde la frontera portuguesa con el Océano Atlántico.
La ciudad está construida sobre 7 colinas, lo que hace que sea geográficamente accidentada, y razón por la cual se han construido varios ascensores y funiculares que permiten el desplazamiento vertical por la misma.
La característica geológica más importante que define la ciudad continúa siendo su ubicación en relación a la actividad tectónica. La actividad sísmica deriva del movimiento relativo de las placas tectónicas euroasiática y africana mediante el cual la placa africana ejerce presión hacia el noroeste, contra el sur de Iberia. La totalidad del sur de Iberia está afectado por dicha actividad, aunque la frontera entre estas dos placas no está bien definida y el epicentro del gran terremoto que destruyó Lisboa continúa haciéndose esquivo.
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